Основными вредителями лука являются луковая муха и луковый скрытохоботник. Для борьбы с луковой мухой севок перед посадкой опудривают фентиурамом или фентиураммолибдатом (400 г препарата на 100 кг севка). При посадке лука в почву вносят 70%-ный гранулированный хлорофос (50 кг/га).

Для защиты от лукового скрытохоботника всходы лука опрыскивают 0,2%-ным хлорофосом или 0,2%-ным раствором фосфамида.
Из болезней лука более распространена ложная мучнистая роса и шейковая гниль.
Против ложной мучнистой росы растения опрыскивают суспензией цинеба (0,4%) или поликарбацина (0,4%). Против шейковой шили после полевой сушки прогревают луковицы в активном потоке воздуха, нагретого до 45° в течение 9—12 часов с последующим досушиванием при температуре 30—40° или применяют тепловую сушку при температуре 30—35° в течение 8—10 дней.